不運營的香港公司最好的處理方式是注銷掉，如果香港公司不運營放著不管，不辦理相關的正常注銷手續，是會影響到該香港公司董事股東，具體會導致的后果如下：

不正常辦理注銷香港公司手續的后果

對于一家有限公司來說，個人通常不必為有限公司的債務負責。但是如果香港公司沒有經過合法有效的途徑注銷，那么香港政府各部門（如注冊處和稅務局）仍有權追究董事和股東的法律責任。

其中最常見的，就是香港公司不進行注銷而放任不管，一段時間后該香港公司被強制注銷，該公司董事將被列為主要責任人，別列為失信人員，可能招致大額罰款、限制出入境，嚴重的還會被處以監禁等刑罰。