港澳臺獨資企業可以申報高新技術企業（高企）認定，但需要滿足特定條件。

首先，根據《高新技術企業認定管理工作指引》（國科發火〔2016〕195號），要認定的知識產權必須在中國境內授權或審批審定，并在中國法律的有效保護期內。這意味著，如果港澳臺獨資企業的知識產權是在中國境外注冊，且權屬人為國外控股公司或個人，那么這些知識產權將不符合高企認定的要求。

其次，根據相關規定，所謂的高新技術企業必須是在《國家重點支持的高新技術領域》內持續進行研究開發與技術成果轉化的企業，形成企業核心自主知識產權，并以此為基礎開展經營活動，且必須是在中國境內（不包括港、澳、臺地區）注冊的居民企業。