通常是不能直接用于增值稅抵扣的。這是因為兩地的發票不符合中國內地稅務局的要求，無法作為有效的稅務憑證。具體來說：

香港發票：香港的發票與內地稅務局統一印制并背書的發票不同，由于沒有內地稅務局的背書，它在內地不被視為有效的稅務抵扣憑證。如果香港公司向內地企業提供服務或銷售產品，通常需要由內地企業在收到服務或商品后，按照中國的稅務規定向香港公司開具增值稅專用發票。這樣的發票才能被內地公司用于稅務申報和抵扣進項稅。

澳門發票：與香港類似，澳門的發票也無法直接在內地用于增值稅抵扣。同樣需要按照內地的稅務規定處理。