國內公司與香港公司合作時，付款和發票的開具涉及到跨境交易的相關流程和規定。以下是對這兩個方面的詳細解答：

一、付款流程
1. 選擇付款方式
國內公司與香港公司合作時，付款方式有多種選擇，主要包括以下幾種：

銀行電匯：這是最常見的付款方式之一。國內公司可以通過商業銀行直接向香港公司的銀行賬戶轉賬。電匯具有安全性高、適用范圍廣的特點，但可能需要一定的手續費和時間處理。
信用證：信用證是一種由銀行擔保的付款方式，適用于交易金額較大或對方信用狀況不確定的情況。國內公司可以向銀行申請開立信用證，銀行承諾在收到符合信用證規定的單據后向香港公司付款。
在線支付平臺：隨著科技的發展，PayPal、支付寶國際版等在線支付平臺也為跨境支付提供了便利。這些平臺操作簡便，資金到賬快，但可能涉及額外的手續費和匯率問題。
2. 遵守外匯管理規定
在進行跨境支付時，國內公司需要遵守國家外匯管理局的相關政策。根據規定，境內機構在進行跨境支付時，需要提供相應的合同、發票等資料供外匯局審核。此外，對于大額跨境支付，還可能需要向相關部門報告。

1. 注意事項
   在選擇付款方式時，國內公司應充分考慮各種因素，包括手續費、安全性、到賬時間以及客戶需求等。
   確保收款賬戶信息的準確性，避免因信息錯誤導致的資金損失。
   及時跟進付款狀態，確保款項按時到賬。
   二、發票開具
2. 香港公司開具發票
   香港公司的發票制度與國內有所不同。香港公司通常開具的是形式發票（也稱為商業發票），這種發票是由公司自行制作的，沒有統一的政府主管部門監制。形式發票上應包含公司名稱、地址、發票日期、貨物或服務描述、價格等信息，并由公司董事或授權人員簽字蓋章后生效。需要注意的是，香港公司開具的形式發票在內地是無法抵扣稅款的。
3. 國內公司開具發票
   如果國內公司需要向香港公司提供發票，通常可以開具增值稅普通發票或專用發票（視具體情況而定）。在開具發票時，應注意以下幾點：

發票抬頭應為香港公司的全稱。
發票內容應與雙方合同約定的貨物或服務一致。
根據實際情況選擇稅率（如免稅、零稅率等）。
確保發票的真實性和合法性，避免虛開發票等違法行為。
3. 特殊情況處理
如果國內公司因業務需要必須從香港公司取得成本票，而香港公司無法提供符合內地稅務要求的發票時，國內公司可能需要采取其他措施來解決成本列支問題。例如，向稅務機關申請代開發票或提供其他合法有效的憑證作為成本列支的依據。

綜上所述，國內公司與香港公司合作時的付款和發票開具需要遵守相關法律法規和規定，確保交易的合法性和合規性。同時，雙方應根據實際情況選擇合適的付款方式和發票類型，以便順利完成交易并維護雙方的合法權益。