將利潤留在香港公司本身不違法，但如何處理這些利潤以及涉及的跨境稅務問題可能需要遵守相關法律和規定。根據稅法，如果利潤涉及內地公司的運營，通常需要考慮大陸的稅務義務。例如，如果內地工廠的產品出口到國外，利潤留在香港公司，根據《中華人民共和國個人所得稅法》和相關實施條例，居民個人從中國境內和境外取得的所得，都應按大陸稅率補稅。具體來說：

企業所得稅：如果在香港繳納了16.5%的企業所得稅，而大陸稅率是25%，則需要補繳差額8.5%的稅。

分紅稅：香港沒有分紅稅，但大陸有20%的分紅稅，因此從香港公司分紅至個人時需補繳這部分稅。

關鍵在于是否能避免雙重征稅，并且遵守《內地和香港特別行政區關于對所得避免雙重征稅和防止偷漏稅的安排》。如果通過合理的跨境稅務規劃，如利用轉口貿易模式，可以合法地減少稅務負擔，但必須確保所有操作符合相關法律法規。

此外，如果利潤通過不正當途徑轉回大陸，如不合規的現金繳存或利用私賬，可能會被稅務機關視為偷逃稅行為，面臨補稅、罰款甚至更嚴重的法律后果。因此，建議咨詢專業稅務顧問，確保所有財務操作合規。