根據《內地和香港特別行政區關于對所得避免雙重征稅和防止偷漏稅的安排》第十二條第二款規定：特許權使用費可以在其發生的一方，按照該一方的法律征稅。但是，如果特許權使用費受益所有人是另一方居民，則所征稅款不應超過特許權使用費總額的7%。雙方主管當局應協商確定實施該限制稅率的方式。對于飛機和船舶租賃業務支付的特許權使用費，所征稅款不應超過特許權使用費總額的 5%。

注：該條“特許權使用費”一語是指使用或有權使用文學、藝術或科學著作(包括電影影片、無線電或電視廣播使用的膠片、磁帶)的版權，專利、商標、設計或模型、圖紙、秘密配方或秘密程序所支付的作為報酬的各種款項，或者使用或有權使用工業、商業、科學設備或有關工業、商業、科學經驗的信息所支付的作為報酬的各種款項。

如果特許權使用費受益所有人是一方政府、地方當局或一方居民，在特許權使用費發生的另一方，通過設在該另一方的常設機構進行營業，據以支付該特許權使用費的權利或財產與該常設機構有實際聯系的，不適用本條第一款和第二款的規定。在這種情況下，適用第七條的規定。

根據中國內地與香港簽署的《內地和香港特別行政區關于對所得避免雙重征稅和防止偷漏稅的安排》( 以下簡稱新的《安排》） ，該安排替代了雙方1998年2月11日簽署的《內地和香港特別行政區關于對所得避免雙重征稅的安排》。于2007年1月1日執行。新的安排有助于妥善解決兩地居民投資活動中存在的稅收問題，促進兩地之間的經貿合作與發展。

新的《安排》在內容上增加了股息、利息和特許權使用費三項投資所得條款，妥善合理的解決了兩地居民投資活動中存在的稅收問題。

我國對于外國企業從境內取得的特許權使用費是按10%征收預提所得稅的，個人是按20%征收個人所得稅。

而新《安排》規定的限制稅率是7%。那么內地公司支付給香港公司的特許權使用費應按7％扣繳預提所得稅。但如屬于關聯交易，支付的特許權使用費數額不論何種原因超出支付人與受益所有人在沒有上述關系時所能同意的數額時，本條規定應僅適用于后來提及的數額。在這種情況下，對該支付款項的超出部分，仍應按各方的法律征稅，但應對本安排其它規定予以適當注意。如果關聯方支付的特許權使用費超過獨立企業之間的標準，超過部分將按10%或20%的稅率征收所得稅。

國內企業交香港企業特許權使用費稅收按7%預交所得稅