香港虧損企業在大陸代扣的企業所得稅需依照中國的稅法進行相應處理，虧損抵扣、所得稅率適用和稅收協定優惠等是處理該問題的關鍵因素。香港企業在大陸經營時，其稅務處理遵循中國大陸的相關稅法規定。

下面將具體闡述香港虧損企業在大陸代扣企業所得稅的處理方式：

虧損抵扣

虧損結轉：根據中國大陸的稅法規定，企業在一定條件下可以將虧損結轉至后期年度抵扣，但有一定的限制條件和期限。例如，虧損可以在以后五年內結轉，用于抵扣未來年度的應納稅所得額。
跨境虧損處理：對于香港企業在大陸的虧損，如果該企業在香港也存在業務，則需要考慮兩地間稅務安排。通常情況下，跨境虧損的處理較為復雜，可能需要遵循雙邊稅收協定的規定。
所得稅率適用

居民企業和非居民企業：在中國大陸，不同類型企業的所得稅率可能有所不同。居民企業通常適用較低的稅率，而非居民企業則可能面臨更高的稅率。
稅收優惠政策：特定區域或行業可能享有稅收優惠。香港企業在大陸經營時，需要了解是否有相關政策適用于自己，從而享受更優惠的稅率。
稅收協定優惠

中港稅收協定：中國大陸與香港之間存在雙邊稅收協定。根據協定內容，香港企業在大陸可以享有一定的稅收優惠，如減免所得稅等。
非歧視待遇：稅收協定通常確保了締約方企業在另一方境內享受非歧視待遇，這意味著香港企業在大陸的稅負不應高于當地企業。