日本公司的股權分紅在分發時需要扣稅，稅率一般為20%，但具體稅率可能因股東的具體情況和持股期限而有所不同。

在日本，公司進行利潤分配時，通常需要按照稅法規定進行扣稅。根據《個人所得稅法》及相關條例，分紅通常被視為“利息、股息、紅利所得”，需要按比例稅率征收個人所得稅，稅率一般為20%。不過，對于一些特定情況，稅率可能會有所調整。例如，如果外籍股東或在新三板掛牌的公司持股期限超過1年，其分紅所得可以免征個人所得稅。