1、商標申請
一般由國際商標代理替申請人將商標注冊申請文件遞交至遞交到日本特許廳，之后商標注冊處發給申請人一個受理編號的回執。
2、形式審查
申請受理后起 1個月內進行形式審查，主要審查申請文件是否齊備，必填項目是否填寫完整。如不符合要求，則會通知申請人更正；
3、實質審查
審查員經過審查認定該注冊申請符合核準標準時，進行商標注冊申請公告，如果不符合核準標準的，通知申請人，要求其在指定的期限內陳述意見。提出意見或者進行補正后符合核準注冊的要求時，進行商標注冊申請公告，仍不符合核準注冊要求的，作出駁回決定。一般從申請到實審結束需要12～14個月。形式審查通過后，進入實質審查階段，該階段主要審查商標是否滿足實質審查要求；通過實質審查，做出允許商標注冊的決定；未能滿足要求者發出駁回理由通知書，申請人對此出具抗辯書或理由書；
4、公報公告
商標申請審查無誤后便開始為期3個月公告階段，在此期間，任何人都可以對該商標提出異議。
5、商標異議
日本商標異議期為兩個月，如果抗辯書或理由書不能消除駁回理由，駁回裁定成立；對裁定不服可以起訴；如果對起訴結果不滿，可向東京高級法院提起上訴。如果仍不服，可繼續向高級法院提起上訴。
6、注冊核準
商標公告無異議或經裁定商標異議不成立的，或商標注冊成功的。正常情況下取得商標注冊證書為12-14個月左右。