香港公司取得內地經營收入，需要由內地企業代繳代扣所得稅。
根據《中華人民共和國企業所得稅法》的規定：非居民企業（如香港公司）在中國境內未設立機構、場所的，或者雖設立機構、場所但取得的所得與其所設機構、場所沒有實際聯系的，應當就其來源于中國境內的所得繳納企業所得稅。

對非居民企業取得上述所得應繳納的所得稅，實行源泉扣繳，以支付人為扣繳義務人。稅款由扣繳義務人在每次支付或者到期應支付時，從支付或者到期應支付的款項中扣繳。

這種情況還是挺多的，先說香港那邊對香港公司怎么征稅：如果是根據香港征稅原則（采用地域來源原則），那么香港公司在內地經營收入可獲豁免征收企業所得稅（需要向稅務局申請海外利得免稅，怎么申請海外利得免稅，請參考文章結尾）。只有在香港產生或得自香港的利潤，才須予以征收利得稅。

但是你在內地經營，得需要遵從內地相關規定，也就是香港不收你企業所得稅（香港稱利得稅）不代表你在內地不需要繳納。

那么像你香港公司在內地經營，這種情況是否繳納企業所得稅及如何繳納，這要根據香港公司在內地提供管理勞務的實際情況進行不同的稅務處理。

假設情況１：根據《內地和香港特別行政區關于對所得避免雙重征稅和防止偷漏稅的安排》（簡稱《安排》）第五條“常設機構”中的有關規定：“常設機構還包括：一方企業直接或者通過雇員或者雇傭的其他人員，在另一方為同一個項目或者相關聯的項目提供的勞務，包括咨詢勞務，僅以在任何12個月中連續或累計超過6個月的為限”。

也就是說，如果你香港公司雇員在內地勞務超過6個月，你香港公司所提供勞務的場所就構成在內地的常設機構，應按照《企業所得稅法》第三條第二款的規定“非居民企業在中國境內設立機構、場所的，應當就其所設機構、場所取得的來源于中國境內的所得，以及發生在中國境外但與其所設機構、場所有實際聯系的所得，繳納企業所得稅”，稅率為25%。

具體征管方法按照《非居民承包工程作業和提供勞務稅收管理暫行辦法》的規定執行，辦理稅務登記手續并進行納稅申報，由香港公司自行申報或稅務機關指定貴公司作為扣繳義務人均可。同時，該企業所得稅由國家稅務局負責征收管理。

假設情況２：如果你所經營的香港公司在內地提供勞務的時間不足6個月，可以享受《內地和香港特別行政區關于對所得避免雙重征稅和防止偷漏稅的安排》的不予征稅優惠待遇的，應按《國家稅務總局關于印發〈非居民享受稅收協定待遇管理辦法（試行）〉的通知》第十一條規定，由納稅人或扣繳義務人向所在地主管國稅機關提交有關資料進行備案，方可享受協定待遇。

@gzzong ：根據《內地和香港特別行政區關于對所得避免雙重征稅和防止偷漏稅的安排》（簡稱《安排》）第五條“常設機構”中的有關規定：“常設機構還包括：一方企業直接或者通過雇員或者雇傭的其他人員，在另一方為同一個項目或者相關聯的項目提供的勞務，包括咨詢勞務，僅以在任何12個月中連續或累計超過6個月的為限”。

這么說在香港注冊的公司可以在內地開展業務，只是可能需要跟內地企業一樣，繳納25%的企業所得稅？很多文章又說香港公司不可以在內地開展業務，這與你這個說法相悖啊。

如果香港公司不是跟內地公司交易，而是做出口業務，客戶都是國外的，稅率也是25%？

這個不用想，肯定是要交的，不可能你香港公司在內地離岸操作，內地不用交稅，到了香港報稅時你又可以申請離岸免稅，哪有這么好的事。

記得以前看過19號文規定，非居民企業在中國境內發生營業稅或增值稅應稅行為，在境內設立經營機構的，應自行申報營業稅或增值稅，但未對“經營機構”做出定義。我覺得在實際操作中，“經營機構”等同于所得稅法中的“機構、場所”概念。

香港企業在境內取得收入由內地公司代繳代扣所得稅

香港公司作為非居民企業從境內取得收入一般由支付人履行代扣代繳。